Kalajoen kaupungin ylintä päätösvaltaa käyttää kaupunginvaltuusto, jossa on 35 jäsentä.

Kunnan päätösvaltaa käyttää asukkaiden vaaleissa neljäksi vuodeksi valitsema kaupunginvaltuusto. Kaupunginhallitus valmistelee valtuuston päätökset ja panee ne täytäntöön. Valtuusto on hallintosäännössä siirtänyt päätösvaltaansa toimielimille, viranhaltijoille ja luottamushenkilöille. Lisäksi kaupungissa toimii vaikuttamistoimielimiä, jotka voivat osallistua päätöksentekoon aloitteilla, esityksillä ja lausunnoilla.